Cette maladie évolue en plusieurs stades.
Durant la phase de syphilis primaire, on observe environ trois semaines après l’infection proprement dite, au site d’entrée du germe infectieux, une induration tissulaire indolore dénommée chancre dur et qui est passe souvent inaperçu (syphilis primaire). Cette induration se situe par exemple au niveau des lèvres, du vagin ou du pénis. Cette induration peut aussi apparaître, après des rapports oraux, dans la cavité buccale ou le pharynx ainsi que, en cas de rapports anaux, dans le rectum.
En outre, les ganglions lymphatiques locaux peuvent se tuméfier durant la maladie. Après environ 6 semaines, cette induration guérit même en l’absence de traitement. En raison de son caractère indolore, ce chancre passe facilement inaperçu dans les régions peu accessibles de l’organisme. C’est pourquoi au stade précoce, la syphilis reste souvent sans traitement.
Il s’ensuit une syphilis secondaire. Les germes peuvent atteindre sans peine le corps entier, via les voies lymphatiques et sanguines. Les symptômes sont très variés. Les signes typiques en sont une tuméfaction généralisée des ganglions lymphatiques ainsi que des modifications localisées ou généralisées de la peau et des muqueuses (éruption claire à rouge-brunâtre en taches). Des symptômes généralisés fréquents sont de la fièvre, une inappétence et des maux de tête.
La syphilis primaire et secondaire guérit même sans traitement.
Après un intervalle de plusieurs années sans symptômes (syphilis latente) on assiste à une syphilis tardive avec symptômes neurologiques sévères (altération des nerfs et du système nerveux central), modification du cœur, des vaisseaux et des os ainsi que la participation d’organes internes. Les nouveau-nés de mères atteintes de syphilis ont un poids insuffisant, avec une rate et un foie agrandis. Les symptômes de syphilis congénitale correspondent à ceux de la syphilis secondaire de l’adulte. On observe notamment une rhinite syphilitique et un nez en selle. Dès la troisième année de vie, on observe déjà des symptômes de syphilis tardive. Elle entraîne des troubles des dents ainsi qu’une surdité. On observe les symptômes de syphilis tardive dès la 10e année de vie.